部长会议：世贸组织的最高权力机构。由所有成员主管外经贸的部长、副部长级官员或其全权代表组成，部长会议至少每两年举行一次，部长会议具有广泛的权力，主要有：立法权；准司法权；豁免某个成员在特定情况下的义务；批准非世贸组织成员国所提出的取得世贸组织观察员资格申请的请示。

　　总理事会：在部长会议休会期间，由全体成员代表组成的总理事会代行部长会议职能。总理事会可视情况需要随时开会，自行拟订议事规则及议程。随时召开会议以履行其解决贸易争端和审议各成员贸易政策的职责。

　　总理事会下设货物贸易理事会；服务贸易理事会；知识产权理事会。这些理事会可视情况自行拟订议事规则，经总理事会批准后执行。所有成员均可参加各理事会。

　　各专门委员会：部长会议下设立专门委员会，以处理特定的贸易及其他有关事宜。已设立贸易与发展委员会；国际收支限制委员会；预算、财务与行政委员会；贸易与环境委员会等10多个专门委员会。

　　秘书处与总干事：世贸组织成立由一位总干事领导的世界贸易组织秘书处（下称秘书处）。世贸组织秘书处设在瑞士日内瓦，大约有500人。秘书处工作人员由总干事指派，并按部长会议通过的规则决定他们的职责和服务条件。

　　总干事由部长会议选定，并明确总干事的权力、职责、服务条件及任期规则。世贸组织总干事主要有以下职责：他可以最大限度地向各成员施加影响，要求它们遵守世贸组织规则；总干事要考虑和预见世贸组织的最佳发展方针；帮助各成员解决它们之间所发生的争议；负责秘书处的工作，管理预算和所有成员有关的行政事务；主持协商和非正式谈判，避免争议。

　　截至1999年5月，世贸组织共有30多个理事会和常设委员会。这个数目是关贸总协定的两倍，世贸组织制度建设比关贸总协定要完善得多。